|
Title
|
مدل سازي برهمكنش كمپلكس پلاتين كوركومين با پپتيد آميلوئيد بتا
|
|
Type
|
Thesis
|
|
Keywords
|
: شبيه سازي ديناميك مولكولي؛ كمپلكس پلاتين كوركومين؛ پپتيد آميلوئيد بتا؛ برهمكنش هاي π-استك
|
|
Abstract
|
هدف: مدل سازي برهمكنش هاي كمپلكس هاي PtII با قطعات مختلف Aβ با استفاده از روش هاي محاسباتي مكانيك كوانتومي و مكانيك مولكولي به اميد يافتن راهي براي درمان بيماري آلزايمر. روششناسي: برهمكنش تعدادي تركيب موثر در درمان آلزايمر با Aβ توسط محاسبات داكينگ با نرم افزار اتوداك مورد بررسي قرار گرفت. ليگاند كوركومين با توجه به مقدار انرژي آزاد اتصال، ثابت بازدارندگي و خواص ضد آلزايمري جهت تشكيل كمپلكس با پلاتين انتخاب شد. چهار مورد از موثرترين كمپلكس هاي پلاتين شناخته شده در درمان آلزايمر همراه با PtCl(cur)(DMSO) با رويكرد انتخاب مناسب ترين كمپكس برهمكنش دهنده با Aβ (بيشترين ميزان برهمكنش) بوسيله محاسبات داكينگ مورد بررسي قرار گرفتند. كمپلكس PtCl(cur)(DMSO) به دليل پايداري بيشتر، ثابت بازداري كمتر و انرژي آزاد گيبس منفي تر براي انجام محاسبات ديناميك مولكولي و شبيه سازي MD انتخاب شد. سه تركيب PtCl(cur)(DMSO)، كوركومين (Cur) و رزمارينيك اسيد(RA) با استفاده از روش هاي مكانيك كوانتومي (روش DFT) به منظور بررسي ميزان برهمكنش هاي π-استك با حلقه هاي آروماتيك سه آمينو اسيد His، Tyr و Phe پپتيد آميلوئيد بتا مورد محاسبه قرار گرفتند. محاسبات ديناميك مولكولي با استفاده از فورس فيلد AMBER99SB-ILDN روي دو سيستم شبيه سازي شامل مونومر Aβ به عنوان شاهد و مونومر Aβ به همراه كمپلكس PtCl(cur)(DMSO) از طريق نرم افزار گرومكس انجام شد. اين شبيه سازي به منظور بررسي اثر بازدارندگي كمپلكس پلاتين كوركومين بر تجمع Aβ انجام شد.
يافتهها: در اين پژوهش نتايج محاسبات مكانيك كوانتومي نشان داد كه انرژي برهمكنش π-استك(ΔEint) مربوط به PtCl(cur)(DMSO) با فنيل آلانين بيشتر از آن دركوركومين است. در كوركومين ساختار كتو-انول (CurE) قبل و بعد از تشكيل كمپلكس π-استك باحلقه هاي آروماتيك آمينو اسيد هاي مختلف، پايدارتر از ساختار دي كتو (CurK) است. ΔEint براي CurK منفي تر از CurE است كه دليل آن برهمكنش هر دو حلقه CurK (به خاطر ساختار خميده و غير مسطح) با آمينو اسيد ها است. روند در ΔEint در Cur و RA متفاوت است. براي AA|| Cur روند انرژي برهمكنش به صورت His > Tyr > Phe و براي رزمارينيك اسيد به صورت His Phe است. ΔEL-H براي سه تركيب قبل و بعد از برهمكنش با AAها نشان داد، براي PtCl(cur)(DMSO) مقدارΔEL-H كمترين است. بنابرا
|
|
Researchers
|
Zeynab Rohani (Student) , Majid Hashemi (First primary advisor) , mohammad hadi ghatee (First primary advisor) , Zahra Solati (Advisor)
|