امیرحسین احمدی

از زمان ظهور کووید-?? در نوامبر ???? میلادی، این بیماری به بزرگترین چالش جهان تبدیل شده­است به ویژه در زمانی که همچنان واکسن موثری برای مقابله با آن وجود ندارد. شناخت مکانیسم های بیماری­زایی ویروس SARS-CoV-2 به شناخت درمان های مناسب برای آن کمک می کند. اخیرا نقش RNAهای کوچک ویروسی (svRNA) در بیماری­زایی ویروس SARS-CoV مورد توجه قرار گرفته­است. با توجه به مشابهت بالای ژنوم ویروس های SARS-CoV-2 و SARS-CoV هدف از مطالعه ی بیوانفورماتیکی حاضر بررسی حضور این svRNA ها در ژنوم SARS-CoV-2 و یافتن ژن های هدف آنها در انسان است. از روش BLASTN برای یافتن مشابهت بین توالی سه svRNA مربوط به ویروس SARS-CoV با توالی احتمالی آن ها در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV استفاده شد. برای پیش­بینی ژن های هدف svRNA از نرم­ افزار آنلاین TargetScanHuman custom version 5.2 استفاده شد. از وب­سایت Enrichr برای بررسی غنی شدن ژن های هدف svRNA در مسیرهای KEGG استفاده شد. شبکه برهمکنش های پروتئین-پروتئین ژن های هدف با نرم­افزار Cytoscape رسم و از افزونه های MCOD و Cytohubba به ترتیب برای تعیین ماژول ها و ژن های مرکزی شبکه استفاده شد. از میان سه svRNA شناخته شده در ژنوم ویروس SARS-CoV، توالی svRNA-N در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV به میزان زیادی حفاظت ­شده­ است. همچنین پیش­بینی شده که svRNA-N قادر به هدف قرار دادن ??? ژن مختلف است که بیشتر در مسیر پیام­رسانی Rap1 تمرکز دارند. همچنین ژن های مربوط به ماژول های پروتئینی بیشتر در مسیر پیام­رسانی TGF-? تمرکز می یابند. داده های حاصل از مطالعه ی حاضر مطالعه ی بیشتر بر روی نقش svRNA-N در روند بیماری­ زایی SARS-CoV-2 و امکان استفاده از مولکول آنتی­سنس علیه آن به عنوان راهکاری در کاهش آسیب های ریوی کووید-?? را پیشنهاد می دهد