امیرحسین احمدی

شناسایی توالی های ناشناخته مجاور با یک توالی شناخته شده کاربردهای گوناگونی دارد، از جمله می توان به شناسایی محل وارد شدن باکتریوفاژ ها ، محل جفت شدن ترانسپوزون ها، شناخت عوامل تنظیم کننده ژن ها و همچنین جهت ساخت وکتورهای اختصاصی اشاره کرد. انواع روش ها برای شناسایی توالی های ناشناخته وجود دارد که اغلب به سه دسته کلی وابسته به جایگاه برش، وابسته به آغازگر و وابسته به بسط توالی تقسیم بندی می شوند . یکی از این روش ها مبنای کیت Walker Genome ساخت شرکت کلون تک است. در این کیت از آنزیم های با جایگاه برش های تولید کننده انتهاهای صاف استفاده شده است که برای الحاق مشکالت زیادی دارند . به همین علت استفاده از آغازگر های لغزان جهانی مورد توجه این پژوهش قرار گرفت. این آغازگرها در یک یا چند نقطه از آنها احتمال حضور چند نوکلئوتید به طور همزمان وجود دارد .برای ارزیابی این روش بهینه سازی ما از آغازگر های اختصاصی بخشی از ژن LDL Receptor انسانی استفاده کردیم . در ابتدا با توجه به محل برش آنزیم های محدوداالثر در ژن چهار نوع آغازگر 1Sma,Nrse1,Apal1,Mfe طراحی شد که از بین آنها تنها با آغازگر 1Apal نتیجه ی مور د نظر گرفته شد . سپس برای تایید نتیجه، این آغازگر را با استفاده از الگو های متفاوت از نوکلئوتید های لغزان طراحی کردیم و نتایج مجدّداً تکرار شد . با توجه به نتایج به دست آمده پس از حرکت محصوالت روی ژل آگارز و مشاهده باند های حدود 1100bp، به نظر می رسد روش ذکر شده در این پژوهش توانسته است از تکثیر قطعات غیر اختصاصی جلوگیری کند و در جداسازی قطعات هدف موفق عمل نماید .