سید مجید هاشمی

هدف: مدل سازی برهمکنش های کمپلکس های PtII با قطعات مختلف Aβ با استفاده از روش های محاسباتی مکانیک کوانتومی و مکانیک مولکولی به امید یافتن راهی برای درمان بیماری آلزایمر. روش‏شناسی: برهمکنش تعدادی ترکیب موثر در درمان آلزایمر با Aβ توسط محاسبات داکینگ با نرم افزار اتوداک مورد بررسی قرار گرفت. لیگاند کورکومین با توجه به مقدار انرژی آزاد اتصال، ثابت بازدارندگی و خواص ضد آلزایمری جهت تشکیل کمپلکس با پلاتین انتخاب شد. چهار مورد از موثرترین کمپلکس های پلاتین شناخته شده در درمان آلزایمر همراه با PtCl(cur)(DMSO) با رویکرد انتخاب مناسب ترین کمپکس برهمکنش دهنده با Aβ (بیشترین میزان برهمکنش) بوسیله محاسبات داکینگ مورد بررسی قرار گرفتند. کمپلکس PtCl(cur)(DMSO) به دلیل پایداری بیشتر، ثابت بازداری کمتر و انرژی آزاد گیبس منفی تر برای انجام محاسبات دینامیک مولکولی و شبیه سازی MD انتخاب شد. سه ترکیب PtCl(cur)(DMSO)، کورکومین (Cur) و رزمارینیک اسید(RA) با استفاده از روش های مکانیک کوانتومی (روش DFT) به منظور بررسی میزان برهمکنش های π-استک با حلقه های آروماتیک سه آمینو اسید His، Tyr و Phe پپتید آمیلوئید بتا مورد محاسبه قرار گرفتند. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از فورس فیلد AMBER99SB-ILDN روی دو سیستم شبیه سازی شامل مونومر Aβ به عنوان شاهد و مونومر Aβ به همراه کمپلکس PtCl(cur)(DMSO) از طریق نرم افزار گرومکس انجام شد. این شبیه سازی به منظور بررسی اثر بازدارندگی کمپلکس پلاتین کورکومین بر تجمع Aβ انجام شد. یافته‏ها: در این پژوهش نتایج محاسبات مکانیک کوانتومی نشان داد که انرژی برهمکنش π-استک(ΔEint) مربوط به PtCl(cur)(DMSO) با فنیل آلانین بیشتر از آن درکورکومین است. در کورکومین ساختار کتو-انول (CurE) قبل و بعد از تشکیل کمپلکس π-استک باحلقه های آروماتیک آمینو اسید های مختلف، پایدارتر از ساختار دی کتو (CurK) است. ΔEint برای CurK منفی تر از CurE است که دلیل آن برهمکنش هر دو حلقه CurK (به خاطر ساختار خمیده و غیر مسطح) با آمینو اسید ها است. روند در ΔEint در Cur و RA متفاوت است. برای AA|| Cur روند انرژی برهمکنش به صورت His > Tyr > Phe و برای رزمارینیک اسید به صورت His Phe است. ΔEL-H برای سه ترکیب قبل و بعد از برهمکنش با AAها نشان داد، برای PtCl(cur)(DMSO) مقدارΔEL-H کمترین است. بنابرا