نرگس مهدی پور

: شبیهسازیهای مولکولی نقش مهمی در بررسی خواص ساختاری و دینامیکی مواد نرم دارند. بخشی از این پایاننامه به مطالعهی خودآرایی سورفاکتانتها که در مقیاسهای زمانی و طولی بسیار وسیعتر از آنچه در شبیهسازیهای اتمی قابل دستیابی است اختصاص دارد. برای این منظور، از روش شبیهسازی دینامیک ذرات اتالفی استفاده کردهایم. اما در سورفاکتانتهای باردار، گویهای باردار دینامیک اتالفی ذرهای، زوج یونهای پایدار را در تمام زمان شبیهسازی تشکیل میدهند. با توجه به این موضوع، بسیاری از مطالعات شبیهسازی دینامیک اتالفی ذرهای موجود در مورد تشکیل میسل در سورفاکتانتها به سورفاکتانتهای بدون بار اختصاص داده شدهاند. مهمترین دستاورد در این بخش، فراتر از متون علمی موجود، توسعهی روشی برای محاسبهی برهمکنشهای الکتروستاتیک در شبیهسازیهای دینامیک اتالفی ذرهای است. در این صورت ما میتوانیم با استفاده از روش شبیهسازی دینامیک اتالفی ذرهای، تشکیل میسل را در سورفاکتانتهای باردار مطالعه کنیم. در بخش دیگری از این پایاننامه ما با استفاده از شبیه- سازیهای اتمی، جذب آب در کراتین مارمولک را که یک پروتئین مهم است بررسی کردهایم. درک رابطه بین رطوبت نسبی و محتوای آب برای درک مکانیسم چسبندگی مرطوب کراتین مارمولک مهم است. شایان ذکر است که هیچ دادهی تجربی/تئوری در مورد محتوای آب کراتین مارمولک در متون علمی وجود ندارد.