|
Title
|
بررسي چندشكلي هاي تك نوكلئوتيدي در جايگاه g.657G/T در ژن PEN2-1 و ارتباط آن با مقاومت به بيماري نكروز حاد هپاتوپانكراس (AHPND) در ميگوي سفيد غربي (Litopenaeus vannamei)
|
|
Type
|
Thesis
|
|
Keywords
|
ميگوي سفيد غربي، AHPND، ژن PEN2-1، چندشكلي تك نوكلئوتيدي (SNP)، ARMS-PCR
|
|
Abstract
|
زمينه: بيماري نكروز حاد هپاتوپانكراس (AHPND) يكي از مهم ترين چالش هاي صنعت پرورش ميگوي سفيد غربي (Litopenaeus vannamei) به شمار مي رود كه موجب تلفات گسترده و خسارات اقتصادي قابل توجه مي شود. شناسايي نشانگرهاي ژنتيكي مرتبط با مقاومت به اين بيماري مي تواند نقش مهمي در برنامه هاي اصلاح نژاد مبتني بر انتخاب به كمك نشانگر (MAS) ايفا كند. هدف: اين مطالعه با هدف بررسي ارتباط جايگاه SNP g.657G/T از ژن PEN2-1 با مقاومت به بيماري AHPND در ميگوي سفيد غربي انجام شد. نتايج اين مطالعه به توسعه برنامه هاي اصلاح نژادي مقاومت به اين بيماري كمك خواهد كرد.
روششناسي: در اين مطالعه، تعداد 149 نمونه ميگوي سفيد غربي شامل 75 نمونه مقاوم و 74 نمونه حساس از مزارع پرورشي درگير با بيماري AHPND در شهر بوشهر جمع آوري شد. تعيين ژنوتيپSNP مورد نظر با استفاده از تكنيك ARMS-PCR انجام و محصولات تكثيرشده به وسيله الكتروفورز روي ژل آگارز تفكيك شد. به منظور تأييد نتايج PCR، توالي يابي قطعه تكثير شده با روش سانگر انجام و نتايج با استفاده از ابزار BLASTn در پايگاه داده NCBI مقايسه شد. فراوانيهاي آللي و ژنوتيپي محاسبه و تعادل هاردي–واينبرگ بررسي گرديد. همچنين، ارتباط ژنوتيپ ها با مقاومت به بيماري با استفاده از رگرسيون لجستيك دوجمله اي در قالب مدل خطي تعميم يافته (GLM) مورد ارزيابي قرار گرفت. تمام تجزيه و تحليلهاي آماري با استفاده از نرمافزار SAS v. 9.4 انجام شد.
يافتهها: نتايج اين مطالعه نشان داد كه فراواني ژنوتيپ هاي GG، GT و TT به ترتيب 38/7 درصد، 62/92 درصد و صفر درصد بود. فرواني اللهاي G و T به ترتيب 5369/0 و 4631/0 محاسبه شد. توالي يابي قطعه ژني تكثيرشده، 99 درصد همانندي با توالي مرجع ژن PEN2-1 ميگوي سفيد غربي (DQ206401.1) را تأييد كرد. آزمون تعادل هاردي–واينبرگ انحراف بسيار معني داري از تعادل را نشان داد (P<0.05). نتايج آزمون كاي دو نشان داد بين SNP مورد مطالعه (g.657G/T) و مقاومت به AHPND ارتباط معني دار وجود داشت (P<0.05). نسبت شانس (OR) زنده ماني ژنوتيپ GG به ژنوتيپ GT برابر با 23/11 شد؛ يعني ميگوهاي داراي ژنوتيپ GG، حدود 11 برابر شانس زنده ماني يا مقاومت بيشتري در مواجهه با بيماري AHPND نسبت به ميگوهاي با ژنوتيپ GT داشتند.
نتيجهگيري: در مجموع، نتايج اين پژوهش نشان داد كه SNP g.657G/T از
|
|
Researchers
|
madineh ranjbar (Student) , Seyed Javad Hosseini (First primary advisor) , Amirhossein Ahmadi (Advisor) , Reza pasandideh (Second primary advisor)
|