|
Title
|
بررسي بيوانفورماتيكي نقش احتمالي RNA هاي كوچك ويروسي در بيماري زايي ويروس SARS-CoV-2
|
|
Type
|
Article
|
|
Keywords
|
Not Record
|
|
Abstract
|
از زمان ظهور كوويد-?? در نوامبر ???? ميلادي، اين بيماري به بزرگترين چالش جهان تبديل شدهاست به ويژه در زماني كه همچنان واكسن موثري براي مقابله با آن وجود ندارد. شناخت مكانيسم هاي بيماريزايي ويروس SARS-CoV-2 به شناخت درمان هاي مناسب براي آن كمك مي كند. اخيرا نقش RNAهاي كوچك ويروسي (svRNA) در بيماريزايي ويروس SARS-CoV مورد توجه قرار گرفتهاست. با توجه به مشابهت بالاي ژنوم ويروس هاي SARS-CoV-2 و SARS-CoV هدف از مطالعه ي بيوانفورماتيكي حاضر بررسي حضور اين svRNA ها در ژنوم SARS-CoV-2 و يافتن ژن هاي هدف آنها در انسان است.
از روش BLASTN براي يافتن مشابهت بين توالي سه svRNA مربوط به ويروس SARS-CoV با توالي احتمالي آن ها در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV استفاده شد. براي پيشبيني ژن هاي هدف svRNA از نرم افزار آنلاين TargetScanHuman custom version 5.2 استفاده شد. از وبسايت Enrichr براي بررسي غني شدن ژن هاي هدف svRNA در مسيرهاي KEGG استفاده شد. شبكه برهمكنش هاي پروتئين-پروتئين ژن هاي هدف با نرمافزار Cytoscape رسم و از افزونه هاي MCOD و Cytohubba به ترتيب براي تعيين ماژول ها و ژن هاي مركزي شبكه استفاده شد.
از ميان سه svRNA شناخته شده در ژنوم ويروس SARS-CoV، توالي svRNA-N در ژنوم SARS-CoV-2 و MERS-CoV به ميزان زيادي حفاظت شده است. همچنين پيشبيني شده كه svRNA-N قادر به هدف قرار دادن ??? ژن مختلف است كه بيشتر در مسير پيامرساني Rap1 تمركز دارند. همچنين ژن هاي مربوط به ماژول هاي پروتئيني بيشتر در مسير پيامرساني TGF-? تمركز مي يابند.
داده هاي حاصل از مطالعه ي حاضر مطالعه ي بيشتر بر روي نقش svRNA-N در روند بيماري زايي SARS-CoV-2 و امكان استفاده از مولكول آنتيسنس عليه آن به عنوان راهكاري در كاهش آسيب هاي ريوي كوويد-?? را پيشنهاد مي دهد
|
|
Researchers
|
Amirhossein Ahmadi (Second researcher) , Seyed Javad Hosseini (Third researcher)
|