|
Title
|
مقايسه تغييرات بيان ژن ها در مغز و خون بيماران مبتلا به سندروم ALS
|
|
Type
|
Thesis
|
|
Keywords
|
ميكرو اري، ALS، بيان ژن
|
|
Abstract
|
مقدمه و هدف: اسكلروز جانبي آميوتروفيك
)ALS )يك بيماري عصبي ناتوان كننده است كه با از دست دادن تدريجي
نورونهاي حركتي در مغز و نخاع مشخص ميشود. درك مكانيسمهاي مولكولي زيربنايي ALS براي توسعه ابزارهاي تشخيصي
و مداخالت درماني بسيار مهم است. اين مطالعه با هدف مقايسه تغييرات بيان ژن در نمونههاي مغز و خون بيماران ALS براي
شناخت بهتر مكانيسم مولكولي بيماري زايي در بافتهاي مختلف اين بيماران انجام شد.
مواد و روشها: در اين تحقيق سه مجموعه داده ريزآرايه مجزا ) 4595GSE، 112676GSE، 179819GSE )را كه داراي
نمونههايي از بافتهاي قشر مغز، خون محيطي و انواع بافت هاي متعدد هستند از پايگاه داده بيان ژن )GEO )انتخاب شدند.
اين مطالعه شامل 741 نمونه ميباشد كه شامل 508 نمونه سالم و 233 نمونه بيمار ALS ميباشد. با نرم افزار R ورژن 4 و
پكيج limma دادهها خوانش، نرمال سازي و تغييرات بيان ژنها مورد بررسي قرار گرفت. در صورتي كه ميزان
FoldChange2log باالتر از0 باشد آن ژنها در نمونه بيمار نسبت به نمونه نرمال افزايش داشته است و در صورتي كه ميزان
FoldChange2log كمتر از0 باشد آن ژنها در نمونه بيمار نسبت به نمونه نرمال كاهش بيان داشته است. پيش پردازش دادهها
صحت و قابليت اطمينان دادهها را تضمين كرد و به دنبال آن تجزيه و تحليل بيان ژن هاي تغيير بيان يافته با استفاده از نرم
افزار R انجام شد. متعاقبا ، تحليلهاي مسير و هستيشناسي ژن )GO )مسيرهاي بيولوژيكي و دستههاي عملكردي با استفاده
از پايگاه miRTarBase انجام شد. عالوه بر اين، با تجزيه و تحليل شبكه تعامل پروتئين-پروتئين )PPI )با استفاده از نرم
افزارهاي Cytohubba و MCOD، ژن هاي كانوني و ماژولهاي عملكردي شناسايي شدند.
نتايج: در تجزيه و تحليل بافت هاي اختصاصي خون، 459 ژن تغييرات بياني قابل توجهي را نشان دادند كه 286 ژن افزايش و
173 ژن كاهش يافت. تجزيه غني سازي مسير KEGG نشان داد كه مسيرهاي تخريب عصبي، معني دارترين مسير هستند.
در بافت مغز، 157 ژن تغييرات بياني قابل توجهي را نشان دادند كه 81 ژن تنظيم مثبت و 76 ژن كاهش يافت. تجزيه غني
سازي مسير KEGG نشان داد كه در ميان مسيرهاي بيولوژيكي مختلف از جمله شيگلوز، عفونت سالمونال، هپاتيت B، اندوسيتوز
و آپوپتوز، معني دارترين مسير شيگلوزيس است. مجموعهاي از 18 ژن تغييرات ثابتي را هم در خون و هم بافت مغز نشان دادند
كه رايج تر
|
|
Researchers
|
mohamad bagher (Student) , Amirhossein Ahmadi (Primary advisor) , Iman Sadeghi (Advisor)
|