|
Title
|
مقايسه زبان هاي برنامه نويسي مورد استفاده در بيوانفورماتيك:python در برابر R
|
|
Type
|
Presentation
|
|
Keywords
|
بيوانفورماتيك، برنامه نويسي، نوكلئوتيد
|
|
Abstract
|
امروزه با توجه به پيشرفت هاي صورت گرفته در توالي يابي پروتئين ها و ژنها و توليد حجم عظيمي از داده ها، به ابزارهاي سريعتري براي تحليل اين اطلاعات نياز مي باشد. زبان هاي برنامه نويسي Python و R در ميان پژوهشگران از محبوبيت بسياري برخوردار هستند و به سبب متن باز (Open Source) بودن و تعداد بسيار زياد پكيج هايشان بسياري از نياز هاي پژوهشگران را برطرف مي كنند. هدف از پژوهش حاضر بررسي عملكرد زبان برنامه نويسي Python در مقابل R، در دريافت، پردازش، بررسي و تفكيك تعداد نوكلئوتيدهاي توالي ژن BRCA1 مي باشد. در ابتدا تواليBRCA1 از سايت ncbi دريافت گرديد. براي نوشتن كدهاي Python از نرم افزار Eclipse و پلاگين pydev و نرم افزار R و محيط R studio نيز براي نوشتن كد هاي R استفاده گرديد. براي اجراي اين پژوهش رايانه اي با رم 8 گيگابايت، سي پي يو core i7 4200 اينتل و ويندوز 10 مورد استفاده قرار گرفت. نتايج نشان داد هر دو زبان توانايي دريافت، پردازش، بررسي و تفكيك نوكلئوتيدهاي ژن BRCA1 را دارا مي باشند. براي بررسي موارد هدف، R نسبت به Python نياز به كد نويسي كمتري داشت. در هر دو زبان پردازش و محاسبه ي تعداد نوكلئوتيدها به درستي صورت پذيرفت. زبان Python نسبت به R در تكرار هاي متفاوت داراي پردازش سريعتري بود.نتايج اين پژوهش نشان داد كه هر دو زبان مي توانند ابزارهاي توانمندي براي پژوهشگران بيوانفورماتيك باشند و با دارا بودن سرعت و عملكرد بالا اطلاعات دريافت شده را پردازش نمايند.
|
|
Researchers
|
Mandana Zarei (Second researcher)
|